Bowerman aveva l'abitudine di smontare sistematicamente le scarpe dei suoi atleti per capirne i difetti. Ogni volta che un corridore si infortunava, lui prendeva la scarpa, la tagliava e la studiava pezzo per pezzo, cercando la relazione tra calzatura e infortunio. Uno degli episodi più famosi riguardò proprio Kenny Moore. Dopo un incidente in pista, Moore sviluppò una frattura da stress al terzo metatarso. Bowerman gli chiese di portargli le scarpe che aveva indossato, e le fece a pezzi davanti a lui per capire cos'era andato storto. Il problema, in questo caso, era la totale assenza di supporto all'arco plantare. Una volta individuata la causa, Bowerman protestava con i produttori e intanto si metteva al lavoro in prima persona. Prendeva ago e filo, e costruiva prototipi di scarpe nel suo garage con i materiali che aveva a disposizione, e poi li faceva testare ai propri atleti.
Il metodo partiva da un'idea concreta. L'innovazione infatti nasce quando osservi da vicino chi usa quel prodotto. Servono attenzione e disponibilità a sporcarsi le mani, più la pazienza di provare anche quando il risultato è incerto. Gli atleti di Bowerman erano i primi tester di soluzioni che nessun altro aveva ancora pensato. Alcune scarpe sperimentali funzionavano, altre no, ma ogni fallimento insegnava qualcosa di nuovo sul rapporto tra peso della scarpa e prestazione in pista.
Nel 1969 l'Università dell'Oregon aveva rifatto la propria leggendaria pista di Hayward Field, sostituendo la tradizionale pavimentazione con una superficie sintetica in uretano. Il cambio aveva però creato un problema per i corridori. Le scarpe con chiodi metallici, che funzionavano bene sulla vecchia pavimentazione, avevano troppo grip con il nuovo materiale e causavano infortuni. Le scarpe a suola piatta, al contrario, non offrivano abbastanza trazione. Bowerman aveva scelto personalmente quella superficie e si sentiva responsabile. Decise quindi che doveva trovare una soluzione, e la cercò per mesi senza però arrivare a un risultato soddisfacente.
Una mattina del 1971, seduto a colazione con la moglie Barbara, il suo sguardo cadde sulla piastra per waffle, una Model 251 ricevuta come regalo di nozze nel 1936. Osservò la griglia con i suoi rilievi regolari e pensò a un'inversione. Al posto delle cavità che raccolgono lo sciroppo, piccole protuberanze che distribuissero la trazione su tutta la pianta del piede. Decise di provare subito. Prese la piastra, andò nel suo laboratorio e versò nello stampo due lattine di uretano liquido, dimenticando però di ungerne la superficie. La piastra si incollò per sempre, ma il principio funzionava. Bowerman raffinò l'idea con stampi appositi e già nel novembre del 1971 il team di cross country dell'Oregon vinse il titolo NCAA indossando i primi prototipi. L'estate seguente, insieme al suo collaboratore Geoff Hollister, costruì a mano una piccola serie di scarpe per le selezioni olimpiche americane di Eugene. Gli atleti che le indossavano lasciavano impronte simili a quelle degli astronauti sulla Luna, e per questo le chiamarono Moon Shoe. Il primo grande successo commerciale arrivò poi nel 1974 con la Waffle Trainer, la scarpa che rese Nike un marchio riconoscibile nel mondo.
La vicenda mette a fuoco un punto importante del metodo Bowerman. Lavorava senza aspettare la tecnologia perfetta o il budget ideale, usando quello che aveva sottomano. Una piastra da cucina è uno strumento elementare, che però ha generato un brevetto ancora oggi presente nel design delle scarpe sportive. Il principio vale ovunque ci sia un problema concreto da affrontare. Serve solo prestare attenzione a cosa non funziona nella pratica e avere la tenacia di provare finché qualcosa non si muove, accettando anche che i primi tentativi quasi sempre falliranno.