Las primeras menciones de escritura secreta se remontan a los tiempos de Heródoto, quien en sus Historias cuenta que en el siglo V a.C. salvó a Grecia de los déspotas persas gracias a un mensaje secreto.
Demarato, un general del ejército persa pero griego de nacimiento, aún era leal a su país, y por ello les había advertido a los generales espartanos sobre el ataque sorpresa de los persas enviando un mensaje grabado en una tablilla de madera, oculto por una capa de cera.
La técnica de comunicación secreta que oculta un mensaje se denomina esteganografía, del griego steganos ("tapado") y graphein ("escritura"). Desde Heródoto hasta la fecha, se han utilizado diferentes formas de mensajes secretos en todo el mundo. La longevidad de la esteganografía denota un cierto grado de seguridad, pero este tipo de comunicación encubierta tiene una gran debilidad: si se busca activamente el mensaje y se conocen las técnicas de cobertura, rápidamente se descubrirá el mensaje. En otras palabras, la interceptación del mensaje de inmediato compromete su seguridad.
Por esta razón, la criptografía (kryptos en griego, que significa "oculto") se desarrolló en paralelo a la esteganografía. El propósito de la criptografía no es ocultar la existencia de un mensaje, sino su significado, y este proceso se conoce como cifrado. Gracias a una codificación que sigue un protocolo acordado entre el emisor y el destinatario del mensaje, este se vuelve incomprensible. La ventaja de la criptografía es que, si el enemigo intercepta el mensaje, resulta ilegible para cualquiera que no conozca el protocolo de decodificación.
La criptografía se puede dividir en dos ramas: transposición, en la que cada letra conserva su identidad pero cambia de posición, y sustitución, en la que las letras conservan su posición pero cambian de identidad.
En la transposición, las letras del mensaje simplemente se mezclan en un anagrama, y cuantas más palabras y frases contenga el mensaje, más difícil será reorganizar las letras para darle un sentido a las palabras. Si el anagrama se hace al azar, resulta imposible de descifrar para el enemigo, pero también para el destinatario del mensaje. Por lo tanto, la transposición debe seguir un sistema acordado previamente, que como tal, podría ser descubierto más fácilmente por el enemigo.
En la sustitución, cada letra del mensaje es reemplazada con otra para producir un texto cifrado, siguiendo un sistema acordado previamente. En general, cuando hablamos de "mensaje encriptado" nos referimos a cualquier forma de sustitución criptográfica en la que cada letra es reemplazada con otra letra o con un símbolo. Al reemplazar las 26 letras del alfabeto con otras, se pueden crear millones de mensajes encriptados diferentes. Una vez que las dos partes acuerdan la clave del texto cifrado, prácticamente es imposible descifrar el mensaje a menos que se tenga la clave.